民事再生法をもっと身近に・・・

外務省: ホストコンピュータシステムの業務・システム見直し方針
及び「個別府省業務・システムについて」(2004年11月12日現在。 ... 職員給与に関わる俸給管理・昇格・昇給、各種諸手当の支給に関する業務、在外職員に関する在外公館への赴任・帰朝の管理及びこれらの業務を処理するシステム。 ...
http://www.mofa.go.jp/mofaj/annai/shocho/g_system/hc_houshin.html

電子政府の総合窓口
各省庁が提供している行政資料、各省庁のサイトを検索。 ... e-Gov電子申請システムの仕様を公開しました。 ... e-Gov電子申請システムのご利用はこちらから. 意見募集中の案件一覧はこちら - 最新情報:2009年08月10 ...
http://www.e-gov.go.jp/

大学で研究員をしていますが，突然，雇用形態が変化し，給料の返還を迫られ困っています。
あまり法律に詳しくないので，どなたか，お知恵をお貸しして頂ければ幸いです。
私は大学で格付き研究員をしております。
大学からは，4月1日付で来年度の3月31日までの辞令書を頂きました。
実際の給与は，研究室から大学を通して給料を頂いていおりました。
研究費からの捻出の為，大学のシステム上，大学側より，「派遣会社を通して給料の支払いをする」と言われ，大学側から派遣会社を通した給与支払いとなりました。
派遣会社とは，任期満了までの契約となっておりました。
しかし，先日，格付き研究員の派遣会社からの給与支払いには問題があると判断され，突然，7月から大学の直接雇用となりました（ほぼ，事後連絡です）。
派遣会社とは一方的に，契約解除という形になりました。
その結果，下記のような問題が生じました。
①突然，4月から6月までの辞令（格付け研究員）を解除された。
②派遣会社からの給料は日給制であり， 大学側から指示された額を派遣会社から頂いていた。
しかしながら，大学雇用にされた途端， なぜか日給が3分の1カットされており，大学事務に尋ねたら， 「今までが適当だったから。
」という説明をされた。
私の派遣会社による給与基準は， 大学規定の最低賃金より算出されたものだったのですが， 格付無のものに変更された。
しかしながら，大学雇用期間は格付き研究員。
③派遣会社に数10万円の給料の返還を求められた。
理由を調べると，知らない間に勤務日数の改ざんをされていた。
派遣会社側に理由を求めると， 大学側から派遣会社側に料金の支出が無理だと撤回されていた。
大学側に問い合わせると 「予算支出の都合上そうなった。
7月に新ルールが決定したので4月までさかのぼってた結果だ」という回答でした。
そこで私の疑問なのですが，①「大学の予算支出の都合」という理由で，辞令書が解除されるのは妥当であるのか。
②「大学の予算支出の都合」という理由で，大学側が提示した日給の変更は可能なのか。
（ただ，当初は形式上派遣会社からの支払いですが。
）③「大学の予算支出の都合」という理由で，大学側に勤務日数を改ざんされた上， 派遣会社を解約され，過支払い分の給料の返金分を私が負担しなければならないのか。
という点です。
あまりにも理不尽だと思うのですが，どのなたかご意見を頂ければ幸いです。
よろしくお願い申し上げます。